目前，我区共有40余个新疆本地的棉花品种供选择，它们是“新陆中20”至“新陆中34”，适宜在南疆地区种植；“新陆早13”至“新陆中37”，适宜在北疆地区种植。这些品种从其特性上可分以下几类： 

高产型：适合北疆种植的有“新陆早23”、“新陆早25”、“新陆早26”、“新陆早33”、“新陆早36”。这几个品种的产量都比新陆早13高出5%以上。平均铃重5.6克至5.7克，平均衣分41%以上。适宜南疆种植的有“新陆中20”、“新陆中22”、“新陆中23”、“新陆中26”、“新陆中28”、“新陆中32”，这些品种都比中棉35增产10%左右，平均铃重6克左右，平均衣分41%以上。 

优质型：适宜北疆种植的有“新陆早16”、“新陆早20”、“新陆早24”、“新陆早25”、“新陆早27”、“新陆早28”、“新陆早29”、“新陆早30”、“新陆早31”、“新陆早32”、“新陆早33”、“新陆早35”、“新陆早37”。适宜南疆种植的有“新陆中23”、“新陆中24”、“新陆中27”、“新陆中31”。这些优质品种都表现为纤维绒长和强力比较优秀，一般绒长在30毫米以上。 

抗病型：（既抗黄萎病又抗枯萎病） 适宜北疆种植的有“新陆早17”、“新陆早23”、“新陆早26”、“新陆早28”、“新陆早37”。适宜南疆种植的有“新陆中24”、“新陆中26”、“新陆中30”、“新陆中34”。 

抗虫型 ：“新陆棉1号”是目前为止我区惟一的一种抗棉铃虫品种，同时也是我区第一个转基因棉品种。该品种适用于棉铃虫害特别严重的老棉区。